Association study between differentially expressed genes, tumor phylogenetics and simulation by modeling gene regulatory networks in cancer

Summary: O câncer é uma doença altamente incidente, que prescreve um aumento em milhões de novos casos a cada ano. No aspecto celular e molecular, a neoplasia é altamente heterogênea, visto que, o sistema proliferativo que rege essa doença é sustentado nos princípios evolutivos, os quais demonstram que o câncer acaba resultando em subclones a cada ciclo de divisão, permitindo essa doença adquirir um “poder de ataque” capaz de romper qualquer barreira de defesa, tanto pelo sistema imune do paciente quanto pelos medicamentos utilizados que passam a ser ineficazes. Assim, para compreender a evolução dos tumores são necessárias ferramentas capazes de reproduzir e recuperar o processo evolutivo de tais amostras. Devido aos avanços tecnológicos, encontra-se a tecnologia de RNA-seq, a qual permitiu compreender toda a expressão gênica desses tumores de forma mais efetiva e com maior clareza. Em somatório a essa tecnologia, novas ferramentas baseadas em bioinformática vieram acompanhar o avanço dos sequenciamentos, por exemplo, tem-se as plataformas online de análise como a Plataforma Galaxy e o WebGestalt. Ademais, um ponto de importância e novo na área de estudo de tumores é a chamada filogenética tumoral, a qual passa a reconstruir a história evolutiva do tumor por meio de topologias (fazendo uso de programas de bioinformática, como PSiTE, CALDER, BAMSE, LICHeE e E-scape), permitindo um entendimento sobre os subclones. Dessa forma, pode-se adquirir novos alvos terapêuticos cada vez mais personalizados e não propensos a serem rejeitados frente à resistência das células tumorais. Além disso, vale ressaltar a elevada importância e destaque na atualidade para com as redes genéticas regulatórias (RRGs), que passam a atuar como sensores de liga/desliga de uma célula operando no nível do gene e/ou proteína, sendo que esse processo fornece um entendimento complementar diante das ferramentas de reconstrução filogenética e de transcriptômica.

Starting date: 20/05/2020
Deadline (months): 90

Participants:

Role	Name
Collaborator *	RAQUEL SILVA DOS REIS
Coordinator *	IURI DRUMOND LOURO (M/D)
Student Doctorate *	LYVIA NEVES REBELLO ALVES
Student Doctorate *	FERNANDA MARIANO GARCIA DE SOUZA RODRIGUES
Vice coordinator *	DEBORA DUMMER MEIRA